Упершыню Хойнікі (Хвойнічак) згадваюцца ў 1512 годзе як мястэчка Брагінскага графства Вялікага Княства Літоўскага.
З сярэдзіны XVI стагоддзя, паводле пісьмовых крыніц, яно згадваецца ўжо як мястэчка Рэчыцкага павета, які належаў князям Вішнявецкім, Шуйскім, Прозарам.
У першай палове XVII стагоддзя на невялікай дзюне ў забалочанай пойме ракі Квеся князі Вішнявецкія пабудавалі замак з абарончымі сценамі, уязной вежай - варотамі. Замак праіснаваў да XVIII стагоддзя.
З канца XVII стагоддзя Хойнікі-цэнтр воласці. Пасля другога падзелу Рэчы Паспалітай у 1793 годзе мястэчка як цэнтр воласці Рэчыцкага павета Мінскай губерні ўвайшло ў Расійскую імперыю.
У канцы XIX стагоддзя ў Хойніках налічвалася каля 2,7 тысяч жыхароў. Тут працавалі 2 спіртзаводы, лесапільны, жалезаапрацоўчы заводы, 2 вадзяныя млыны, працавалі 2 школы, 26 магазінаў, 2 гасцініцы, паштовая станцыя. Стаяла Пакроўская царква, касцёл.
У 1919 годзе Хойнікі ў складзе Гомельскай губерні ўвайшлі ў склад РСФСР.
8 снежня 1926 года лічыцца датай утварэння раёна, бо з гэтага часу Хойнікі - гэта ўжо цэнтр раёна, спачатку Рэчыцкага, а ў 1927-1930 г.г. - Гомельскай акругі БССР.
29 верасня 1938 года Хойнікам прысвоены статус гарадскога пасёлка Палескай вобласці. У 1939 годзе ў ім пражывала 3,4 тыс.
25 жніўня 1941 года п.Хойнікі акупавалі нямецка-фашысцкія захопнікі. За час акупацыі гітлераўцы знішчана каля 200 мірных жыхароў, больш за 5000 загінулі на франтах. 26 вёскам раёна выпаў трагічны лёс Хатыні.
24 лістапада 1943 года Хойнікі вызвалілі войскі I Беларускага фронту.
У 1954 годзе г.п Хойнікі ўвайшоў у склад Гомельскай вобласці. 10 кастрычніка 1967 года яму прысвоены статус горада. У 1970 годзе тут пражывала 9,5 тыс.
Горад развіваўся, і паступова яго межы пашыраліся шляхам далучэння бліжэйшых пасёлкаў. Склаліся 3 раёна: Старыя Хойнікі, Новыя Хойнікі і паўночна-заходні раён. Былі ўзведзены некалькі 2-5-павярховых дамоў, створаны мікрараён «Юбілейны». На канец 1986 года насельніцтва раёна складала 45,9 тыс.
Хойніцкі раён - адзін з найбольш пацярпелых у выніку найбуйнейшай тэхнагеннай катастрофы ХХ стагоддзя - аварыі на Чарнобыльскай АЭС.
За дваццаць гадоў пасля аварыі з тэрыторыі, найбольш забруджанай радыенуклідамі, было эвакуявана больш за 20 тыс.чалавек, колькасць насельніцтва скарацілася амаль удвая. Спынілі сваё існаванне 49 населеных пунктаў з 99, шэраг навучальных устаноў, уключаючы СПТВ-50, медыцынскіх, культурна - асветных устаноў, 5 будаўнічых арганізацый, ПМК, не стала 6 сельскіх Саветаў. Ліквідавана 7 сельгаспрадпрыемстваў, кормазавод» Майдан", свінакомплекс, малочны комплекс на 800 галоў кароў. Рэарганізаваны завод» Салют " і сыраробны камбінат.
З карыстання выведзена 88 тыс. га зямлі, у тым ліку 34 тыс. га сельгасугоддзяў.